vim で E117 未知の関数です

vim は ~/.vim ディレクトリを読むのに対し gvim は~/vimfilesディレクトリを読むためだそうです。Windows ならジャンクションを作りましょう。

cd /d %homepath%
mklink /j vimfiles .vim

参考:

• neovim Unknown function: plug#begin
• gvim on windows